Kontroloři z NKÚ zjistili a ve svém závěru uvedli, že jak ministerstvo zemědělství, tak samotný podnik často postupovaly tak, jako by Lesy ČR nakládaly s vlastním majetkem, rizika však nesl na stát. K něčemu takovému však nemají oprávnění. Vlastním majetkem totiž nedisponují, mohou jen hospodařit se státním majetkem.

Jako příklad může posloužit směna pozemků v případě Radějovské obory. Tady nese podle NKÚ vinu jak ministerstvo zemědělství, tak Lesy ČR. Ty tehdy nevýhodně směnily přes tisíc hektarů uceleného komplexu lesa v Chráněné krajinné oblasti Bílé Karpaty s fyzickou osobou za pozemky rozmístěné po devíti katastrálních územích celé ČR. Zájem soukromé osoby tak převýšil zájem veřejný. Novým majitelem se stal bývalý nájemce obory, bývalý majitel firmy Hamé Leoš Novotný.

Lesy ČR ale šláply vedle i při pronájmu kancelářského nábytku za 810 tisíc korun, kdy jeho hodnota byla pouhých 191 tisíc. Za roční pronájem kanceláří pak zaplatily 859 tisíc, přesto je nepoužívaly. V pořádku nebyl ani nákup dvou automobilů Audi A6 za celkem 2,6 milionu korun v roce 2008. Auta totiž byla zakoupena na dvě samostatné kupní smlouvy, čímž LČR porušily zákon rozdělením jedné zakázky do dvou menších.

Třešničkou na dortu pak bylo zjištění, že generální ředitel firmy Svatopluk Sýkora byl zároveň ve funkci místopředsedy představenstva akciové společnosti, jejíž předmět podnikání se s podnikáním LČR častokrát shodoval. Podobný souběh funkcí přitom není povolen. Generální ředitel ale argumentoval tím, že o věci ústně informoval tehdejšího ministra zemědělství Petra Gandaloviče. Ministerstvo však o ničem neví.

Poslanci TOP 09 a Věcí veřejných bojují za prosazení novely, díky které bude moci NKÚ provádět kontroly státních podniků pravidelně. Po zmíněných aférách by měli poslanci dostat zapravdu.